随着生命科学与技术的不断发展，发酵工业也随之有了较大的提高。微生物菌种发酵设备则是指应用微生物生产目的产物的设备，且是发酵工厂中基本的也是主要的设备。微生物菌种发酵设备必须具备适合微生物生长和形成产物的各种条件，促进微生物的新陈代谢，使之能在低消耗下获得较高的产量。
1.在发酵过程中，严禁将过滤器的排水阀突然打开而引起发酵液倒流，不要让罐内压力大于管道压力。
2.当突然停电时，应迅速关闭发酵罐的空气系统，保证罐压和空气系统不造成负压，过滤器上的压力表和发酵罐的压力表不能掉零。
3.除菌过滤器蒸汽灭菌时压力不得超过0.15Mpa。
4.空消实消时，夹套内的排污阀门要打开，实消冷却时，罐压不能掉零。
5.实消结束后，夹套应先打开排水阀，然后再打开进水阀门，防止有的地区水压高，造成设备损坏或压力表失灵。
6.开蒸汽时应先开进气阀再开出气阀（注视着分汽缸上方的压力表读数）。
7.输送热水时，热水泵上方的阀门应置半开状态。
8.Y形过滤器应定期检查，通气量减小或发酵时流量计上不去就应及时检修一下。
9.种子罐的电机一开，冷却水必须预先打开；所有的电机不能空转。
10.隔膜阀外漏是就应将其拆卸下来清洗干净再装好（关闭时不要用力过度，避免损坏膜片！）。
11.球阀与隔膜阀顺时针方向关闭，逆时针方向打开；双通阀（“一”字阀）横着管路为关闭，顺着管路为打开。
12.补料时应注意各补料瓶硅胶管和相应的蠕动泵的连接是否正确、稳固。