微生物菌种是决定发酵产品的工业价值以及发酵工程成败的关键，只有具备良好的菌种基础，才能通过改进发酵工艺和设备以获得理想的发酵产品。菌种用途广泛涉及食品、医药、工农业、环保等诸多领域。下面简单介绍一下微生物菌种的功效。
1、抑制土壤中病原菌的繁殖和对植物根部的侵袭，减少植物土传病害，预防多种病虫害爆发；
2、提高种子的出芽率，预防种子自身的遗传病害，提高作物成活率，促进根系生长；
3、改善土壤团粒结构，改良土壤，提高土壤蓄水、蓄能和地温，缓解重茬障碍；
4、抑制生长环境中有害菌的滋生繁殖，降低和预防各种菌类病害的发生；
5、促使土壤中的腐殖质的形成，极大的提高土壤肥效；
6、增强光合作用，提高肥料利用率，平衡土壤pH值，解除化肥、农药及有害因子对土壤的破坏，克服连作障碍。
微生物菌种保藏的方法有很多种，其保藏原理主要是根据微生物的生理、生化特点，人为的创造低温、缺氧、干燥、避光的条件，尽量的降低或者抑制微生物的代谢活动，减慢或停止其生长繁殖，在较长时间内保持其生活能力，不发生或尽可能少的发生遗传性状的变异，以达到保持纯种的目的。
